คณะวิศวกรรมศาสตร์ กำแพงแสน ถือกำเนิดร่วมกับคณะวิศวกรรมศาสตร์ (บางเขน) จากโรงเรียนช่างชลประทาน กรมชลประทาน ซึ่งก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2481 โดยหม่อมหลวงชูชาติ กำภู จนถึงปี พ.ศ. 2494 ได้สบทบเข้าเป็นเครือของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และจัดตั้งเป็นคณะวิศวกรรมชลประทาน ในปี พ.ศ. 2497 จนภายหลังได้รับการสถาปนาเป็นคณะวิศวกรรมศาสตร์ ในปี พ.ศ. 2509 ต่อมาในปี พ.ศ. 2522 ได้ย้ายภาควิชาวิศวกรรมเกษตร และภาควิชาวิศวกรรมชลประทานจากบางเขนมาดำเนินการจัดการเรียนการสอนที่วิทยาเขตกำแพงแสน ซึ่งถือเป็นจุดเริ่มต้นของคณะวิศวกรรมศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน จนกระทั่งเมื่อวันที่ 22 เมษายน พ.ศ. 2546 สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้มีมติให้แยกการบริหารคณะวิศวกรรมศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน ออกจากคณะวิศวกรรมศาสตร์ (บางเขน) และให้สถาปนาขึ้นเป็น "คณะวิศวกรรมศาสตร์ กำแพงแสน" อย่างเป็นทางการจึงถือได้ว่าคณะวิศวกรรมศาสตร์ กำแพงแสน เป็นหนึ่งในบรรดาคณะวิชาต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน โดยสมบูรณ์