คณะวิศวกรรมศาสตร์ กำแพงแสน ถือกำเนิดร่วมกับคณะวิศวกรรมศาสตร์ (บางเขน) จากโรงเรียนช่างชลประทาน กรมชลประทาน ซึ่งก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2481 โดยหม่อมหลวงชูชาติ กำภู จนถึงปี พ.ศ. 2494 ได้สบทบเข้าเป็นเครือของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และจัดตั้งเป็นคณะวิศวกรรมชลประทาน ในปี พ.ศ. 2497 จนภายหลังได้รับการสถาปนาเป็นคณะวิศวกรรมศาสตร์ ในปี พ.ศ. 2509 ต่อมาในปี พ.ศ. 2522 ได้ย้ายภาควิชาวิศวกรรมเกษตร และภาควิชาวิศวกรรมชลประทานจากบางเขนมาดำเนินการจัดการเรียนการสอนที่วิทยาเขตกำแพงแสน ซึ่งถือเป็นจุดเริ่มต้นของคณะวิศวกรรมศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน จนกระทั่งเมื่อวันที่ 22 เมษายน พ.ศ. 2546 สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้มีมติให้แยกการบริหารคณะวิศวกรรมศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน ออกจากคณะวิศวกรรมศาสตร์ (บางเขน) และให้สถาปนาขึ้นเป็น “คณะวิศวกรรมศาสตร์ กำแพงแสน” อย่างเป็นทางการจึงถือได้ว่าคณะวิศวกรรมศาสตร์ กำแพงแสน เป็นหนึ่งในบรรดาคณะวิชาต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน โดยสมบูรณ์

ปัจจุบันคณะวิศวกรรมศาสตร์ กำแพงแสน จัดโครงสร้างการบริหารส่วนงานโดยแบ่งหน่วยงานภายในคณะออกเป็น 10 หน่วยงาน ประกอบด้วยสำนักงานเลขานุการ ภาควิชาวิศวกรรมเกษตร ภาควิชาวิศวกรรมชลประทาน ภาควิชาวิศวกรรมการอาหาร ภาควิชาวิศวกรรมโยธา ภาควิชาวิศวกรรมเครื่องกล ภาควิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์  ภาควิชาวิศวกรรมอุตสาหการ ศูนย์ปฏิบัติการวิศวกรรมพลังงานและสิ่งแวดล้อม และ ศูนย์ทดสอบประตู หน้าต่าง และระบบผนังกระจกสำหรับงานอาคาร

​

ด้านการเรียนการสอน ได้เปิดสอนหลักสูตรระดับปริญญาตรี จำนวน 7 หลักสูตร ได้แก่ วศ.บ. (วิศวกรรมเครื่องกล-เกษตร), วศ.บ. (วิศวกรรมโยธา-ชลประทาน), วศ.บ. (วิศวกรรมอาหาร), วศ.บ. (วิศวกรรมโยธา), วศ.บ. (วิศวกรรมเครื่องกล), วศ.บ. (วิศวกรรมคอมพิวเตอร์) และ วศ.บ. (วิศวกรรมอุตสาหการ-โลจิสติกส์) หลักสูตรระดับปริญญาโท จำนวน 6 หลักสูตร ได้แก่ วศ.ม. (วิศวกรรมเกษตร), วศ.ม. (วิศวกรรมชลประทาน), วศ.ม. (วิศวกรรมการอาหาร), วศ.ม. (วิศวกรรมโยธา), วศ.ม. (วิศวกรรมเครื่องกลและพลังงาน) และ วศ.ม. (วิศวกรรมคอมพิวเตอร์) หลักสูตรระดับปริญญาเอก จำนวน 4 หลักสูตร ได้แก่ วศ.ด. (วิศวกรรมเกษตร), วศ.ด. (วิศวกรรมชลประทาน), วศ.ด. (วิศวกรรมการอาหาร) และ วศ.ด. (วิศวกรรมโยธา) ซึ่งเปิดรับทั้งนิสิตไทยและนิสิตต่างชาติ